酵母雙雜交技術以其簡便、靈敏、高效以及能夠反映不同蛋白質之間在活細胞內的相互作用等特點，對其技術進行改進，將使其在蛋白互作的研究中得到更為廣泛的應用。

　　基因克隆是分子生物學中的一種基本的操作方法，通過雙酶切來構建載體是其中常用的一種方法，這種方法利用限制性內切酶可以識別并切割特定的核苷酸的原理，用兩種不同的限制性內切酶切割靶基因得到前后都帶有粘性末端的靶基因片段，與同樣經兩種限制性內切酶切割得到的帶有相同粘性末端的線性載體在T4DNA連接酶作用下進行連接，從而實現基因克隆酶切效率及連接效率不高等問題，致使靶基因片段插入載體相當困難，為此人們采取了多種策略進行克隆。后來開發了一種叫做同源重組的基因克隆方法。

　　相比之下，同源重組方法構建載體操作相對簡單易行。相比雙酶切載體構建方法，該方法的構建過程有些不同。首先，靶基因片段擴增引物有別于常規引物設計；其次，載體切割過程中只需要進行單酶切；第三，載體和目的基因片段的連接是基于同源重組而不是粘性末端互補。在實際操作過程中，雙酶切方法和同源重組方法各有優勢。同源重組方法構建載體中最有代表性的是Gateway方法。