轉錄因子結合位點（Transcriptionfactorbindingsite，TFBS）是與轉錄因子結合的DNA片段，長度通常在5~20bp范圍內，一個轉錄因子往往同時調控若干個基因，而它在不同基因上的結合位點具有一定的保守性，又不*相同

　　對經過生物實驗驗證的已知位點進行分析可知,轉錄因子結合位點往往以保守短序列片段(亦稱作motif)的形式出現.對于原核基因組,模體的長度一般為10～30bp,而對于真核基因組,其長度更短,通常為5～15bp.與其它常見的序列模體信號相比,轉錄因子結合位點模體除了n長度較短以外,其堿基組成也更加靈活,容許較多的錯配.

　　數百種轉錄因子在不同個體細胞類型中按照不同組合類型表達，伴隨胚胎發育進行，還在不斷變化，這讓生物學家很難準確地理解轉錄因子如何控制胚胎發育。而且許多研究結果甚至自相矛盾。例如，生化實驗表明一個家族中與相同DNA序列相結合的TFs，在遺傳學實驗中卻被證明它們在發育胚胎細胞中的活性非常不同。

　　“因此，我們才應該確定某個特定TF的結合位點和它將要激活的靶基因，”Small解釋道。

　　以博后學者RheaDatta為首的科學家們研究了果蠅的兩個相似的TFs（Bicoid[Bcd]和Orthodenticle[Otd]），過去的研究顯示，它們與一段相同的DNA序列（TAATCC）結合。

　　研究人員直接繪制了Bcd和Otd在胚胎中的整個遺傳區域結合圖譜，結果顯示一些區域可以結合兩種蛋白，另一些區域只能結合二者之一。進一步研究發現，實際上兩種蛋白的結合偏好與它們的共用TAATCC序列相比僅有一個堿基之差，此外，Bcd的結合僅發生在包含另外兩種TFs結合位點的基因組區域，這兩種TFs可能有助于Bcd的結合。

　　至此，一個TFs與之結合、控制基因表達、決定細胞命運的精確DNA序列終于水落石出。