在生理狀態下把細胞內的DNA與蛋白質交聯在一起，通過超聲或酶處理將染色質切為小片段后，利用抗原抗體的特異性識別反應，將與目的蛋白相結合的DNA的片段沉淀下來，以富集存在組蛋白修飾或者轉錄調控的DNA的片段，再通過多種下游檢測技術（定量PCR、基因芯片、測序等）來檢測此富集片段的DNA序列。

　　ChIP-seq技術實驗步驟：

　　染色質免疫共沉淀技術包括3個獨立的步驟，即固定、沉淀和檢測。

　　第1步固定

　　甲醛能有效的使蛋白質-蛋白質，蛋白質-DNA，蛋白質-RNA交聯，形成生物復合體，防止細胞內組分的重新分布。首先在體內用甲醛固定DNA和蛋白質復合物，需要注意甲醇的交聯時間，如果過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且實驗材料也容易在離心過程中丟失；交聯時間如果過短，則交聯不*，產生假陰性。交聯反應可加入終止。然后用化學（微球菌酶）或者機械（超聲波）的手段將其隨機切成一定長度的染色質小片段（200～1000bp）。

　　第2步免疫沉淀

　　利用目的蛋白質或者目的蛋白質上標簽的特異性抗體，通過抗原和抗體反應形成DNA－蛋白質－抗體復合體，然后沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA的片段。

　　第3步目的片段的純化與檢測

　　經過熱處理及交聯，釋放共沉淀的DNA；再將DNA的片段純化后，對沉淀的DNA樣品進行檢測。目前檢測方法主要有3種：第1種是比較沉淀的模版與陰性和陽性對照PCR信號強度的普通PCR實驗，或者相對精確的定量PCR方法。第2種是將沉淀的DNA與DNA微陣列芯片雜交（ChIP-on-ChIP），以檢測多基因軌跡全部的相互作用。第3種是高通量DNA測序分析。